Volgens de overlevering is de mantel van Jezus begraven onder de kathedraal. Een jood uit Mtskheta, Elioz, was in Jerusalem ten tijde van de kruisiging en hij kwam terug met de mantel. Zijn zuster Sidonia nam hem in haar armen en stierf ter plaatse in een geloofspassie. Niemand kon de mantel uit haar armen losmaken dus hij was begraven samen met haar. De jaren gingen voorbij en de mensen vergaten waar de exacte begraafplaats was. Toen koning Miran na zijn bekering besliste om de eerste kerk in Mtskheta te bouwen, kon een van de houten palen in het midden van de kerk niet van de grond worden getild. Sinte Nino, 's nachts aan het bidden, had een visioen van een jonge man vol vuur die de pilaar optilde. Miraculeus verschoof de pilaar naar de begraafplaats van Sidonia en de mantel en bewerkstellligde daarna vele mirakels. Svetitskhoveli betekent "leven gevende pilaar".

In de vijfde eeuw verving koning Vakthtang Gorgasali koning Mirian's originele kerk door een stenen kerk. De bescheiden overblijfelen zijn nog te zien naast de kathedraal. Het huidige gebouw werd opgetrokken tussen 1010 en 1029 onder patriarch Melkisedek en ondanks dat het werd beschadigd in de 14de eeuw door Timur is het nog steeds een van de mooiste kerken van het land.