Archeologische vondsten uit de 4de tot 6de eeuw spreken van een strijd tussen christenen en heidenen. Nadat de Arabieren Tbilisi bezet hadden werd Uplistsikhe de residentie van de koningen van Kartli. Een belangrijke karavaanroute van Azie naar Europa liep juist ten noorden van de stad, die een belangrijk handelscentrum werd met 20000 inwoners. het belang van de stad werd kleiner nadat koning David de bouwer Tbilisi in 1122 weer innam en de stad werd samen met zijn omgeving (er waren vroeger bossen) onherroepelijk verwoest door de Mongolen in 1240.

Wat je vandaag ziet is een 40 000 vierkante meter Shida Kalaki (binnenstad) die minder dan de helft van het origineel uitmaakt. Bijna alles is ontdekt door archeologen sedert 1957, toen alleen de toppen van enkele grotten zichtbaar waren. Uplistsikhe is strategisch gelegen met een diepe vallei in het oosten en cliffen in het westen. Je komt de site binnen via de hoofdpoort, dan loop je naar boven via de hoofdstraat. Links, aan de zuidwestrand van de site, uitkijkend over de rivier zie je een grot met een puntige boog. Langs binnen is het plafond versierd met achthoeken in dezelfde stijl als Caracalla's Baden in Rome. Deze grot is gekend als het theater en dit is waarschijnlijk een tempel daterend uit de eerste of tweede eeuw na Christuss waar religieuze mysteriespelen werden opgevoerd. Verder naar boven langs de rechterkant is de grote pre-Christelijke tempel van makvliani met een portiek met bogen. De open hall voor het portiek heeft stenen zetels voor de priesters en twee ronde gaten in de vloer voor bloed van geofferde dieren. Nog wat verder links is de grote hall gekend als Tamaris Darbazi (de hall van koningin Tamar). Hier zijn twee kolommen gebouwd in een cliff en een stenen zetel daterend uit de oudheid. De stenen zolder is zo bewerkt om eruit te zien als houten balken en er is een gat om licht in en rook uit te laten. Dit was bijna zeker een heidense tempel maar koningin Tamar kan de hall later bewoond hebben. Langs de linkerkant ervan is een open ruimte met niches die een apotheek kan geweest zijn. Aan de andere kant is een grote grot met de overblijfselen van vier kolommen, oorspronkelijk waarschijnlijk een zonnetempel gebruikt voor dierenoffers en later gewijzigd in een christelijke basiliek. De 10de eeuwse kerk bij de top van de heuvel is de Uplistsulis Eklesia (de kerk van de prins). Deze basiliek is gebouwd bovenop een heidense tempel, waarschijnlijk de belangrijkste. Op de weg naar beneden ga je via een tunnel, een oude vluchtweg die ook kon gebruikt worden om water naar boven te brengen.