Een groot deel van de bevolking van het oude Samarkand waren Perzisch sprekende Joden, die traditioneel Bukhara-joden werden genoemd.

Heel lang geleden arriveerden de Joden in Centraal-Azië in verschillende golven vanaf de 6e eeuw voor Christus, toen Turan en Babylon deel uitmaakten van het rijk van Cyrus de Grote.  Bukhara Joden raakten geïsoleerd van de Perzische Joden in de 17e eeuw na de verstoring van de banden tussen de Soennitische Turkestan en het sjiitische Iran, en aan het einde van de 19e en 20e eeuw schakelden ze over naar de voorheen onbekende gebedskanon van de Spaanse Sefardische Joden, geïntroduceerd door een bezoekende rabbijn uit Marokko.

In de Middeleeuwen behandelden lokale vorsten Yahoeds redelijk goed, men beweerde zelfs dat de middeleeuwse Turkestan de veiligste plaats ter wereld was voor de Joden. Maar in de 18e eeuw veranderden de Khan van Khiva en de emir van Bukhara van de nieuwe Turk-dynastieën hun benadering scherp : legden ze enorme belastingen op, verbood ze Joodse diensten en voerden ze eenvoudigweg openlijke afpersing: toen de emir dringend geld nodig had, begon hij de Joden te bedreigen met een bloedbad, en omdat ze geen keus hadden, betaalden ze.  Ze waren nog steeds behoorlijk rijk, bedrijvig in handel, ambacht en distilleerderij - zelfs de islamitische adel kocht alcohol van hen. De Joden lieten het verarmde Khiva en de vervolgingen achter zich, en aan het begin van de 19e eeuw bleef alleen een gemeenschap in Buchara die tussen Bukhara en Samarkand verhuisde, afhankelijk van de politieke situatie.

En in de 19e eeuw  verhuisden Joden actief van Boukhara naar Samarkand om de handel met Rusland hier te beheersen. Misschien waren het de Joden die hebben bijgedragen aan de economische opleving van de stad: de Russische officieren, die het 'gepacificeerde Samarkand' bestudeerden, ontmoetten hier Joodse handelaars die zelfs Duitsland bereikten. Op hun beurt waren Joden de eerste mensen uit Samarkand die Russisch begonnen te leren en blijkbaar hier na de Russische verovering nog actiever naartoe gingen. Het was een vrij uniek geval in Centraal-Azië: de Joden waren blij met de Russen die een eind maakten aan de tirannie van Emir, en de Russen waren blij met de Joden: in dagboeken en memoires van officieren, reizigers en kooplieden, werden Yahishi's altijd geprezen "mooi, netjes, bescheiden en gastvrij"  en gunstig vergeleken met lokale moslims en hun medestammen van het trieste Jiddische land.

Aan het begin van de 20e eeuw woonden enkele duizenden Bukharian-joden en ongeveer duizend Ashkenazi in Samarkand. Onder de heerschappij van Bukhara, waren de Joden in Samarkand tevreden met een geheim gebedshuis en gedurende de hele 19de eeuw werd de gemeenschap verhuurd door de rebbe Kalantar Moses-dynastie, die het Russische leger ontmoette, en zijn zoon Raphael, die deze synagoge in 1891 bouwde, maar kort voordat de opening stierf aan cholera: De ingang van de synagoge heeft een verbluffend mooie gebeeldhouwde deur.